Cikal bakal pondok pesantren adalah sekolah formal MI dan SLTP yang dikelola oleh yayasan Ma'arif D.I. Yogyakarta. Semula lembaga ini mendapat sambutan yang antusias dari masyarakat sekitar, sehingga memiliki siswa yang tidak sedikit. Namun dalam perkembangan selanjutnya kepercayaan masyarakat mulai menurun hal ini disebabkan oleh beberapa faktor. Menyadari adanya kekurangan yang telah terjadi, maka pengelola berbenah diri, miuncul pemikiran untuk merekrut siswa dari luar daerah, untuk itu harus disediakan asrama, kemudian didirikanlah Pondok Pesantren Pangeran Diponegoro Meningkatkan keimanan, ketaqwaan, keilmuan dan persaudaraan umat yang dihiasi dengan Al Ahlaq Al Karimah serta menumbuhkan kepedulian sosial, agar tercipta kesejahteraan bangsa yang adil, makmur dan merata.
MISI
Membentuk lembaga bimbingan, pembinaan pendidikan ilmu pengetahuan dan teknologi, ilmu agama dan keterampilan sebagai bekal untuk kehidupan mereka di masa depan, agar tercipta sumber daya manusia yang berkualitas, berbudi pekerti luhur, mandiri, agamis dan pacasilais.
